Самый крупный образовательный проект Фонда, существующий с 2000 года. Программа объединяет профессионалов из сферы высшего образования и смежных областей, готовых сделать свой вклад в развитие общества и обеспечивать устойчивость изменений.

Благотворительный фонд В.Потанина продолжает конкурсные отборы в рамках Федеральной стипендиальной программы для студентов и программы «Гранты молодым преподавателям государственных вузов России» в вузах Москвы, Томской, Омской, Тюменской, Свердловской, Челябинской областей, Приморского края и Ханты-Мансийского автономного округа.
Отборы в вузах проходят в 2 этапа: с сентября по ноябрь в вузах западной части России, и с февраля по апрель – в вузах восточной части страны. При определении вузов-участников конкурса Фонд использует собственный рейтинг ведущих российских вузов, который составляется ежегодно по итогам реализации образовательных программ Фонда для студентов и преподавателей. В рамках второго этапа отборов 2012/2013 года отборы уже прошли в Сибирском федеральном университете и Сибирском государственном аэрокосмическом университете, Национальном исследовательском Томском политехническом университете и Национальном исследовательском Томском государственном университете, Национальном исследовательском университете «МИЭТ», Новосибирском государственном техническом университете и Новосибирском национальном исследовательском государственном университете, Пермском национальном исследовательском политехническом университете и Пермском государственном национальном исследовательском университете, Омском государственном университете им. Ф.М. Достоевского и Тюменском государственном университете. Победителями в ходе второго этапа уже стали 220 студентов, последние отборы пройдут в Московском государственном университете им. М.В.Ломоносова 13-15 апреля 2013 года.
В 2012/2013 учебном году размер стипендии студентам составляет 5000 руб., она будет выплачиваться ежемесячно в течение года. Размер гранта молодым преподавателям – 50 000 руб. По итогам первого этапа стипендиатами стали 620 студентов, грантополучателями – 62 педагога. Всего в 2012/2013 году победителями станут 1200 студентов и 120 преподавателей из 58 ведущих государственных вузов. Имена 52-х молодых ученых, ставших победителями во втором этапе, будут названы в мае.
Кроме того, продолжается прием заявок от студентов на участие в совместной программе Фонда В.Потанина и Санкт-Петербургского государственного университета, предполагающей получение стипендии на обучение на программах магистратуры по направлению менеджмент, реализуемых в Высшей Школе Менеджмента СПбГУ.